El IRCCA es una persona jurídica de derecho público no estatal.
La Junta Directiva del IRCCA se compone de diez integrantes – cinco titulares y cinco suplentes – nombrados por el Presidente de la República con miembros de la Secretaria Nacional de Drogas, Ministerio de Salud Pública, Ministerio de Desarrollo Social, Ministerio de Industria, Energía y Minería y Ministerio de Ganadería, Agricultura y Pesca. La presidencia de la Junta Directiva está ejercida por el miembro titular de la Secretaria Nacional de Drogas.
La Dirección Ejecutiva está ejercida por el Director Ejecutivo designado por la mayoría de la Junta Directiva, con el voto conforme del Presidente del IRCCA. El Director Ejecutivo asiste a las sesiones de la Junta Directiva con voz y sin voto y tiene las atribuciones enumeradas en el artículo 30 de la Ley N° 19.172, así como toda otra que la Junta Directiva le encomiende o le delegue.